D'abord groupe de recherche de l'Union des associations jacquaires françaises à partir de mars 2000, la Fondation a été déclarée comme association selon la loi de 1901 en juin 2002. Sa fondatrice fut Denise Péricard-Méa, seule universitaire française titulaire d'une thèse sur les cultes à saint Jacques et Compostelle. Elle lui a transmis l'héritage de la recherche jacquaire initiée par René de La Coste-Messelière.